Dans le domaine médical, malgré le progrès considérable des techniques thérapeutiques, l'expérience du corps vécu, tel qu'il est ressenti de l'intérieur, reste méconnue. En termes de diagnostic, les méthodes micro-phénoménologiques permettraient au praticien d'acquérir une connaissance fine du ressenti du patient aux différentes étapes de la maladie. Elles permettraient une meilleure évaluation de l'efficience thérapeutique d'un traitement pharmacologique, reposant non sur le seul inventaire des symptômes ou sur un questionnaire sur la qualité de vie, mais sur une compréhension profonde de la transformation de l'expérience vécue du patient.
En aidant le patient lui-même à prendre conscience des phases précoces et ordinairement silencieuses de la maladie ou de l'épisode aigu, ces méthodes ouvrent aussi la voie vers des thérapies alternatives non pharmacologiques, dont un exemple pionnier est la thérapie non pharmacologique de l'épilepsie. De telles méthodes thérapeutiques basées sur l'éducation de la conscience corporelle pourraient être développées pour d'autres pathologies, afin de faciliter leur prévention, leur détection et leur thérapie. Elles pourraient être particulièrement utiles dans le contrôle des addictions, la gestion de la douleur chronique, le trouble de l'anxiété généralisée et le traitement de la dépression, qui d'après l'Organisation Mondiale pour la Santé représentera d'ici 2020 la principale cause d'invalidité dans le monde.